Денежные средства, получаемые банком в связи с изменением сроков предоставления средств, процентных ставок и других условий договора кредитования, связаны с оплатой банковской услуги по предоставлению денежных средств. Однако это вовсе не означает, что они попадают в базу по НДС. Такой вывод следует из письма ФНС от 23 августа 2012 г. № АС-4-3/13967. Дело в том, что согласно подпункту 3 пункта 3 статьи 149 Налогового кодекса проводимые кредитными организациями банковские операции (за исключением инкассации), в том числе размещение привлеченных денежных средств организаций и физлиц, не подлежат обложению НДС. В свою очередь на основании пункта 1 статьи 819 Гражданского кодекса по кредитному договору банк или иная кредитная организация (кредитор) обязуются предоставить денежные средства (кредит) в размере и на условиях, предусмотренных договором, а заемщик обязуется возвратить полученную денежную сумму и уплатить проценты на нее. Иными словами, банковской операцией по размещению привлеченных денежных средств организаций и физлиц, не подлежащей обложению НДС, является предоставление банком заемщику (клиенту банка) денежных средств (кредитование) на условиях возвратности, срочности и платности (уплата процентов).

В то же время подпунктом 2 пункта 1 статьи 162 Кодекса установлено, что база по НДС увеличивается на суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Однако в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг), не облагаемых НДС, указанное положение не применяется (п. 2 ст. 162 НК). Так что банковские комиссии, начисленные за изменение условий кредитного договора и т. п., в базу по НДС не включаются.